L'eau de Javel contient du chlore très facilement libérable (labile pour les chimistes). Lors de son utilisation puis de son rejet avec les eaux usées, le chlore libéré se combinera facilement avec certaines molécules organiques pour former des "organochlorés", composés toxiques, persistants et qui peuvent donc avoir un effet cumulatif dans les chaînes alimentaires. Certains d'entre eux sont cancérigènes et/ou mutagènes.
Si les eaux usées sont évacuées vers une fosse septique, l'apport régulier d'eau de Javel peut compromettre les équilibres biologiques de la fosse et donc son bon fonctionnement.
Le stockage et l'utilisation d'eau de Javel à la maison comportent des risques. En effet, ce produit est souvent à l'origine d'accidents domestiques.
Utilisée en mélange avec des produits d'entretien contenant un acide (détartrant, nettoyant pour sanitaires, antirouille, ...), causera instantanément un dégagement de chlore gazeux qui provoquera des effets désastreux tels que l'irritation des muqueuses et des yeux, des maux de tête, des nausées, ... Cela peut aller jusqu'au développement d'un œdème pulmonaire très grave avec risque de complications infectieuses.
Si l'eau de Javel entre en contact avec de l'ammoniaque, c'est un ensemble gazeux constitué de mono, di et tri chloramine qui se formera et qui risquera de provoquer un oedème aigu du poumon immédiat ou retardé nécessitant une hospitalisation.
La monochloramine est classée comme substance pouvant être cancérogène pour l'humain en raison de la prise en considération des divers facteurs: effets immunotoxiques possibles chez les rats, méthémoglobinémie et hémolyse chez des patients dialysés, augmentation des niveaux d'apoliprotéine B du plasma chez l'homme, etc.
Des effets mutagènes sont rapportés dans des études sur le rat.
L'essentiel de la pollution dans l'atmosphère des halls de piscines est dû aux chloramines et plus particulièrement à la trichloramine ou trichlorure d'azote (NCl3), formées par les réactions des composés azotés provenant des polluants apportés par les nageurs (urines, sueurs, cosmétiques) avec les composés chlorés utilisés pour la désinfection des eaux.
L'évaluation du risque chimique et sa maîtrise ultérieure se basent sur les données de la métrologie atmosphérique. La valeur limite de "confort " pour laquelle on n'enregistre généralement pas de plainte des salariés vis à vis des effets irritants oculaires et respiratoires est de 0,5 mg/m³ en équivalent NCl3.
Il n'existe pas à ce jour de valeur limite d'exposition (VLE).
Les centres Antipoison relatent de nombreux accidents dus à l'eau de Javel dont les victimes sont des enfants qui ont ingéré, par mégarde, de l'eau de Javel. Heureusement, ces accidents sont rarement mortels.